Usando plantillas

En este punto R Markdown y Quarto se separan un poquito. Si trabajamos con RMarkdwon podemos usar el paquete rticles que contiene una buena cantidad de de plantillas de revistas científicas (muchas de ellas contribuidas por la comunidad). Quarto es una herramienta nueva, tiene apenas unos meses de vida (al menos desde que fue presentada) y la funcionalidad análoga apenas está creciendo.

Por esa razón si decidieras usar Quarto para escribir un paper científico, es posible que no encuentres la plantillas que necesitas. Podrías hacer el trabajo para adaptar la plantilla que provee la revista y contribuir al desarrollo del paquete pero lleva su trabajo.

RMarkdown
Quarto

Usando rticles

Si quisieras escribir un reporte, un documento para tu institución o tal vez un paper para una revista científica usando RMardown, es posible que necesites usar una plantilla que defina la apariencia del documento final. Dependiendo del formato de saluda, las plantillas serán distintas. En esta sección nos vamos a enfocar en documentos PDF.

Para revistas científicas existe el paquete rticles. Este paquete incluye muchas plantillas –la mayoría contribuida por personas de la comunidad de R – que podés utilizar para crear PDF con la apariencia de la revista científica elegida, directo desde el archivo RMarkdown. Mi recomendación siempre es instalar la versión en desarrollo del paquete ya que muchas veces incluye nuevos formatos o plantillas de revistas que aún no fueron incluidos en la versión de CRAN.

Una vez instalado el paquete, para poder utilizar rticles desde RStudio, podés acceder a las plantillas desde File -> New File -> R Markdown. Esto va a abrir una ventana de dialogo desde donde podés seleccionar alguna de las plantillas disponibles:

Cuadro de dialogo al iniciar un nuevo R Markdown con la lista de plantillas

Al hacer esto, se creará una nueva carpeta que contienen un archivo Rmd que usará el formato de salida correspondiente. Posiblemente también encuentres otros archivos necesarios para darle formato a esta plantilla.

Ejercicio

Desafío: utilizá una plantilla

Crea un nuevo archivo R Markdown file usando alguna de las plantillas disponibles.
revisá las opciones en el YAML y cambiá algunos de los valores. No necesita ser información real!
Renderizá el documento para ver el resultado.

Para revistas científicas quarto permite utilizar algunas plantillas. No es necesario instalar nada pero viene con una trampa: requiere usar la Terminal. Para quienes no tienen experiencia con la terminal, esta es otra manera de comunicarse con la computadora y por suerte RStudio viene con una terminal incorporada.

Si quisiéramos probar la plantilla de Elsevier tenemos que ejecutar el siguiente código en la terminal:

quarto use template quarto-journals/elsevier

Terminal en RStudio que muestra el código a ejecutar para usar la plantilla de Elsevier

Al hacer esto, nos hará algunas preguntas y veremos el siguiente mensaje

Quarto templates may execute code when documents are rendered. If you do not
trust the authors of the template, we recommend that you do not install or
use the template.
 ? Do you trust the authors of this template (Y/n) » Yes
 ? Directory name: » Prueba
[>] Downloading
[>] Unzipping
    Found 1 extension.
[>] Copying files...

Files created:
 - bibliography.bib
 - placeholder.png
 - Prueba.qmd
 - style-guide
 - _extensions

Finalmente se creará creará una nueva carpeta que contienen un archivo qmd que usará el formato de salida correspondiente. Posiblemente también encuentres otros archivos necesarios para darle formato a esta plantilla.

Ejercicio

Desafío: utilizá una plantilla

Crea un nuevo archivo de Quarto file usando alguna de las plantillas disposibles.
revisá las opciones en el YAML y cambiá algunos de los valores. No necesita ser información real!
Renderizá el documento para ver el resultado. Si es la primera vez, puede que demore algunos minutos para instalar cosas.

Más allá de rticles y …

Pero ¿que pasa cuando estos paquetes no tienen la plantillas que necesitás? Normalmente, las revistas proveen una plantilla de LaTeX que podés usar y adaptar para trabajar con R Markdown o Quarto. Esto requiere cierto conocimiento de LaTeX y Pandoc templates, mucha paciencia y café/té/mate para lidiar con todos los posibles errores. El resultado vale la pena por supuesto. Sobre todo si luego contribuís esa plantilla para que otras personas se puedan beneficiar de ese esfuerzo.

Si alguna vez te encontrás en esta situación podés probar realiza este ejercicio y seguir este video paso a paso (en inglés).

--- title: "Usando plantillas" toc: true format: html: code-tools: true self-contained: true execute: message: false warning: false --- En este punto R Markdown y Quarto se separan un poquito. Si trabajamos con RMarkdwon podemos usar el paquete **rticles** que contiene una buena cantidad de de plantillas de revistas científicas (muchas de ellas contribuidas por la comunidad). Quarto es una herramienta nueva, tiene apenas unos meses de vida (al menos desde que fue presentada) y la funcionalidad análoga apenas está creciendo. Por esa razón si decidieras usar Quarto para escribir un paper científico, es posible que no encuentres la plantillas que necesitas. Podrías hacer el trabajo para adaptar la plantilla que provee la revista y contribuir al desarrollo del paquete pero lleva su trabajo. ::: panel-tabset ### RMarkdown #### Usando rticles Si quisieras escribir un reporte, un documento para tu institución o tal vez un paper para una revista científica usando RMardown, es posible que necesites usar una plantilla que defina la apariencia del documento final. Dependiendo del formato de saluda, las plantillas serán distintas. En esta sección nos vamos a enfocar en documentos PDF. Para revistas científicas existe el paquete [**rticles**](https://pkgs.rstudio.com/rticles/index.html). Este paquete incluye muchas plantillas --la mayoría contribuida por personas de la comunidad de R -- que podés utilizar para crear PDF con la apariencia de la revista científica elegida, directo desde el archivo RMarkdown. Mi recomendación siempre es instalar la versión en desarrollo del paquete ya que muchas veces incluye nuevos formatos o plantillas de revistas que aún no fueron incluidos en la versión de CRAN. Una vez instalado el paquete, para poder utilizar rticles desde RStudio, podés acceder a las plantillas desde `File -> New File -> R Markdown`. Esto va a abrir una ventana de dialogo desde donde podés seleccionar alguna de las plantillas disponibles: ![Cuadro de dialogo al iniciar un nuevo R Markdown con la lista de plantillas](img/rticles.png) Al hacer esto, se creará una nueva carpeta que contienen un archivo Rmd que usará el formato de salida correspondiente. Posiblemente también encuentres otros archivos necesarios para darle formato a esta plantilla. ::: callout-tip ## Ejercicio **Desafío: utilizá una plantilla** 1. Crea un nuevo archivo R Markdown file usando alguna de las plantillas disponibles. 2. revisá las opciones en el YAML y cambiá algunos de los valores. No necesita ser información real! 3. Renderizá el documento para ver el resultado. ::: ### Quarto Si quisieras escribir un reporte, un documento para tu institución o tal vez un paper para una revista científica usando RMardown, es posible que necesites usar una plantilla que defina la apariencia del documento final. Dependiendo del formato de saluda, las plantillas serán distintas. En esta sección nos vamos a enfocar en documentos PDF. Para revistas científicas quarto permite utilizar [algunas plantillas](https://github.com/quarto-journals). No es necesario instalar nada pero viene con una trampa: requiere usar la Terminal. Para quienes no tienen experiencia con la terminal, esta es otra manera de comunicarse con la computadora y por suerte RStudio viene con una terminal incorporada. Si quisiéramos probar la plantilla de Elsevier tenemos que ejecutar el siguiente código en la terminal: quarto use template quarto-journals/elsevier ![Terminal en RStudio que muestra el código a ejecutar para usar la plantilla de Elsevier](img/plantillas-quarto.png) Al hacer esto, nos hará algunas preguntas y veremos el siguiente mensaje Quarto templates may execute code when documents are rendered. If you do not trust the authors of the template, we recommend that you do not install or use the template. ? Do you trust the authors of this template (Y/n) » Yes ? Directory name: » Prueba [>] Downloading [>] Unzipping Found 1 extension. [>] Copying files... Files created: - bibliography.bib - placeholder.png - Prueba.qmd - style-guide - _extensions Finalmente se creará creará una nueva carpeta que contienen un archivo qmd que usará el formato de salida correspondiente. Posiblemente también encuentres otros archivos necesarios para darle formato a esta plantilla. ::: callout-tip ## Ejercicio **Desafío: utilizá una plantilla** 1. Crea un nuevo archivo de Quarto file usando alguna de las plantillas disposibles. 2. revisá las opciones en el YAML y cambiá algunos de los valores. No necesita ser información real! 3. Renderizá el documento para ver el resultado. Si es la primera vez, puede que demore algunos minutos para instalar cosas. ::: ::: ## Más allá de rticles y ... Pero ¿que pasa cuando estos paquetes no tienen la plantillas que necesitás? Normalmente, las revistas proveen una plantilla de LaTeX que podés usar y **adaptar** para trabajar con R Markdown o Quarto. Esto requiere cierto conocimiento de LaTeX y [Pandoc templates](https://pandoc.org/MANUAL.html#templates), mucha paciencia y café/té/mate para lidiar con todos los posibles errores. El resultado vale la pena por supuesto. Sobre todo si luego [contribuís](https://github.com/rstudio/rticles/pulls) esa plantilla para que otras personas se puedan beneficiar de ese esfuerzo. Si alguna vez te encontrás en esta situación podés probar realiza [este ejercicio]() y seguir [este video](https://www.youtube.com/watch?v=bk3mcRIJLqc) paso a paso (en inglés).